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深圳先進院袁曙光團隊在國際GPCR-DOCK 大賽中斬獲前三甲

時間:2022-04-15  來源:醫藥所 文本大?。骸?a href="javascript:doZoom(16)">大 |  | 】  【打印

  413-14日,第七屆國際iHuman GPCR論壇線上召開,會上公布了全球GPCR-DOCK 2021大賽 結果,中國科學院深圳先進技術研究院醫藥所袁曙光學術團隊及孵化公司在全球45個團隊提交的近800個參賽預測模型中脫穎而出,斬獲前三。 

  據了解,國際GPCR-DOCK大賽由著名結構生物學家Raymond C. Stevens等發起,旨在驗證當今生物計算和AI方法能否正確預測出GPCR的三維結構折疊以及相關藥物分子與GPCR的結合模式。 

  袁曙光團隊針對5個重要的藥物靶點G蛋白偶聯受體蛋白(GPCR)的三維結構折疊及其藥物分子結合模式進行了精準預測,靶標整體結構原子位置平均RMSDroot-mean-square deviation)與實驗結構相比只有1.96的差別;而關鍵性的七次跨膜區域的原子位置平均RMSD與實驗值相比只有1.29 差別。據大賽組織者之一美國UCSDIrina Kufareva教授介紹,本次大賽的5個靶點預測難易程度分別為:GPR139<NPY1R<APJ<NMUR2<kOR。袁曙光團隊在kOR等靶點預測中斬獲全球前三甲。相關預測不僅正確復現出GPCR折疊模型,并獲得精準的藥物分子結合模型。   

  G蛋白偶聯受體蛋白(GPCR)是最重要的藥物靶點,人體內總共有820多種不同的GPCR,與幾乎所有的人類重大疾病均密切相關。近40%的上市藥物都針對GPCR而開發。GPCR-Dock大賽距今總共舉辦過4次,分別在2008年、2010年、2013年以及2021年。大賽旨在驗證當今生物計算和AI方法能否正確預測出GPCR的三維結構折疊以及相關藥物分子與GPCR的結合模式,以為當今GPCR藥物研發提供理論指導。 

  關于袁曙光團隊 

  袁曙光主要從事計算生物學與計算機輔助藥物設計。2014年,袁曙光創造性提出GPCRs的激活機制與連續水分子通路學說,并得到同行的廣泛認可。此外,他所設計的兩個 first-in-classGPCR藥物分子順利進入臨床測試階段,并且獲批國際專利,目前,其中一個分子成功進入臨床二期。2019年,袁曙光加入深圳先進院,聚焦利用生物計算和原創生物技術針對GPCR進行原創新藥研發。 

 

第七屆國際iHuman GPCR論壇 

 

團隊預測的模型與實驗模型疊合圖,及大賽排名截圖

 

根據大賽官方數據,團隊預測結果與谷歌AlphaFold2 、RosettaGPCR預測結果比較。(數值越低越精確)

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